现代大学并不完全是一个时间概念，还是一个性质概念，需要有特定的内涵。与古代或古典大学相比，现代大学的特点是有系统的教育和教学制度、有固定的教育场所和设施、有稳定的教师和管理队伍，以及有现代性的教育目的和教育方式。特别是具有现代特征的教育观念和教育制度。
审视历史，可知我国最早的现代大学为创办于1895年的“北洋公学”（现在的天津大学），其创办人为时任天津海关道的盛宣怀。尔后南洋公学（上海交通大学前身）、京师大学堂（北京大学前身）等现代大学相继创立。中国早期公立大学的办学宗旨是“中体西用”，办学路径是“旁采泰西、近学日本”，办学性质是“官办官管”。与其时创立的教会大学和私立大学一起，形成了中国早期大学的多样化形态。
最早对中国现代大学办学模式进行规范的国家级文件，是蔡元培任教育部长时主持制定的《大学令》（1912）。其确定了大学办学宗旨为培养各方面社会精英的“硕学鸿儒”，基本制度为校长任命制下的“教授治校”及“大学自治”制度。由于这种制度是吸收世界大学制度的结果，因而基本上体现了大学活动的规律，使中国早期大学有了一个比较高的起点，并营造了中国现代大学发展的黄金时代。
中国早期现代大学对国家、社会、文化、思想进步的贡献是巨大的，它不仅引领了社会的思想、文化、道德风尚，而且也孕育了“五四运动”和“新文化运动”，促进了中国社会思想的飞跃性发展。当然，在引领社会文化和精神的前进方面，私立大学和教会大学也功不可没。
对早期现在大学形态进行破坏的活动，是国民党在基本上统一中国后推行的“党化教育”（1928）。其做法为在大学中推行“一个党、一个领袖、一个主义”的所谓“三民主义”，开创了政府视大学为“工具”以及政治干预大学活动的恶劣先例。这种行为打破了以往政府与大学相互制约、相互容忍的平衡态势，造成了政府与大学之间的紧张关系，使以后的“反国民党独裁”、“学潮”变得顺理成章。
上世纪40年代末的政权交替，本可以为大学发展带来健康发展的机会。然而，当时选择的“以俄为师”路线，却使大学失去了在和平时期快速发展的良机。因为当时的苏联高等教育体制，并非世界范围内的先进大学体制，而是包含了浓厚实用主义意味的权宜性体制。这种体制的优点是能够促进专业人才的快速成长，但却使大学丧失自主性，变成了一种被动性的准行政组织，其教育行为也相应地变成了政治活动或生产（人才）活动。
在这种思想和制度的效应下，大学经历了连续不断的颠簸。“知识分子思想改造运动”、“院系调整”、“武训传思想批判”、“胡风思想批判”、“反右”、“四清运动”、“文化大革命”、 “反自由化”、“高校合并”、“大学扩招”、“政绩大跃进”等运动或活动接连不断，使大学如人一般的“心性涵养、精神陶冶、灵魂洗礼”等自我精神修炼活动，基本上没有时间和条件。大学中的活动大多还停留在“积极响应、贯彻执行”的状态，很少有大学基于自己本质和宗旨的自主活动，其精神也几乎处于飘摇之中。
回顾中国现代大学的百年历程，可见其外观形态虽然发生了天翻地覆的变化，甚至可以说已经非常现代化，但其内在的品质却依然贫乏，大学内部的风气和品质比之于蔡元培时期的北大、梅贻琦时期的清华，也还难以望其项背。大学在创办时期秉持的“官办官管”体制不但没有被转换，反而有不断强化的趋势，使作为大学灵魂和根基的学问、知识、科学、理性的力量，因为缺乏必须的尊严和地位而没有成长和发育起来。
而由于没有彰显自己本质的灵魂和精神，因而大学产生了一系列诸如“崇尚权力、俯仰权贵、沉迷政绩、醉心功利”的怪异行为，与世界大学形似而神不似。更令人叹息的是，一些对大学理应负有责任的人，不仅不思如何消除大学弊端，促进大学的真正进步，反而不断制造一些基于实用主义、功利主义的大学理念，粉饰大学的异己现象，以至于使大学理念鱼龙混杂，与真正的大学品格风马牛不相及。所以，以正直和良知为大学定义，以真诚和责任为大学正名，是反思现代大学曲折历程的重要内容，也是大学必须进行的功课。
审视中国现代大学的百年历史，有这样一些问题值得反思：其一，我国现代大学的移植性质，使其缺少自主成长的历史和稳定的传统，其内部也没有成长起捍卫大学本质的力量，使大学在精神上处于飘摇之中。因而，如何培育大学中的主体力量，是现代大学发展的重要课题。其二，我国早期主流大学的“官办官管”性质，以及后期的清一色公办大学性质，使其没有条件和动力促进国家层面上的《大学法》的产生，也使大学缺乏国家法律的有效保护。而在国家的层次上制定类似法律，是我国大学发展中的又一重要课题。其三，种种原因使大学失去了两次宝贵的发展机会，一是民国初期制定的《大学令》被国民党破坏，二是1985年出台的《中共中央关于教育体制改革的决定》确定了“党政分开”的原则，其时逢许多大学中试点的大学体制改革，但这些试点纷纷夭折。因此，接续大学制度的改革、完成大学思想和制度的革命是大学发展的必要条件，也是新时期大学制度改革的重要问题。