科学技术的发展直接受科研环境的影响，而科研管理体制对科研环境起着决定性导向和制约作用。当前，应尽快从宏观和微观层面对我国科研管理体制进行深化改革。为此，提出以下三点建议：
设立国家科技宏观决策与协调机制，改革科技资源配置与管理办法
从国家层面优化科技管理体制是进行改革的根本起点。在资源配置方面，我国长期以来存在条块分割、多头管理、效率低下和重复浪费等现象。鉴于国家科技资源配置现状，一些科研部门和机构把单位和个人对外争取经费的数量大小作为对科研工作评价与考核的硬性指标，并且与后续支持强度或个人利益等挂钩；一些科研骨干为了得到更多经费而花费大量时间精力四处申请项目，无法真正安心科研工作本身。进一步，目前对很多重大科研项目缺乏认真的结题验收与科学评估，这无形中使争取科研经费在许多人眼中变成了比高水平科研工作自身更重要与更可行的奋斗目标。
为此，建议从国家层面设立宏观管理决策与协调机制，改革现行重大科技资源的配置和遴选办法。特别地，对于基础研究、公益研究、应用研究等不同类型的科研工作，要科学合理地设定竞争性研究经费与稳定支持研究经费的比例，特别要建立长期稳定支持基础研究的法规政策；同时要根据科学研究的特殊规律，实事求是地制定出科学合理的经费管理与使用办法，并加强监督检查。在目前状况下，至少可以在合理设置课题经费强度的同时，通过在国家层面建立信息共享等机制，严格控制科研人员从不同渠道申请和承担国家级重要科研项目的总数目。
加快相关部门职能转变，既不能“越位”也不能“缺位”
相关政府部门的职能转变，是科技管理体制改革的一个关键。举例来说，目前国家相关政府部门在组织学术性很强的重大评审时，通常是按照几大科技领域来分组进行。许多被管理部门邀请的专家，除了自己所熟悉的专业方向，对其它领域具体成果的判断往往只能依靠某些表面现象和数量指标，这就使这类评审从根本上存在局限性，使评审的权威性与公正性大打折扣，不但会使各类学术不端行为有机可乘，同时还可能使不少真正优秀者屡受挫折。事实上，在我国目前许多重大科研项目管理中存在的问题，已被总结为“捆绑申请、分散研究、合并交账、以数量充质量”等；在重大成果评估与评奖中也不乏“拼凑成果、包装意义、蒙混过关”等现象。
政府部门的“宏观管理”与市场机制的“自由竞争”，只有很好的结合才能集成各自优势，否则可能会导致两者弊端的叠加。这就要求政府部门既不能“越位”也不能“缺位”。对于自己实际上“管不了，管不好，也不应该管的事情”，不应该“越位”去管，而应从根本上进行职能转变，减少对科研项目从立项、遴选、验收到奖励的具体管理，将工作重点集中在制定规划、设计政策、做好服务和优化环境上。另一方面，在自由竞争机制中，必须有规范完善的竞争规则、科学公正的评价体系与行之有效的管理措施作为保障，否则就很可能变为“无序竞争”甚至“恶性竞争”，远达不到有效促进科研发展的目的。因此，政府相关部门在这方面又不应该“缺位”。
遵循科技多样性客观发展规律，改革科技评价体系与科技奖励体制
科研评价体系是科研管理的一个核心问题。既不能简单地将经济管理的思维模式套用到科技管理中，也不能将管理工程项目的办法照搬到基础科学研究中。“科学目标”是在一定时空范围和假设条件下对新现象和新规律的认识，而“工程或经济目标”往往要在规定时间内完成复杂的实际任务，这两类目标不可混淆。但长期以来，一方面，人们迫切希望通过科技的发展来改变我国落后面貌；另一方面，对科学、技术与工程的不同性质和发展规律存在着模糊或片面的认识。这往往要求科研成果要对经济或工程产生“立竿见影”的应用效果或显著效益。实际上，长期以来我国科学研究中“欲速不达”和“急功近利”等现象反复出现，在很大程度上影响了基础研究的整体水平，反过来又影响应用研究的整体水平。
毫无疑问，只有符合客观发展规律的做法，才能真正推动科技的进步。由于科学研究活动是由具有博弈行为的人参与的特殊复杂系统，对其进行具体管理与评价，往往不是“数量化”、“一刀切”、“投票法”或“行政化”等简单做法所能奏效的。科研管理工作应符合不同类型、不同层次科学技术发展的内在规律；同时，科技人才政策也要符合人才发展的客观规律。
具体到现行科技奖励机制，应该进行实质性改革，可以考虑国家只颁发少量的终身成就奖。具体项目成果的奖励，一般来讲，对基础研究成果应该依据其学术价值或对科技发展所起的实质性推动作用，主要由公认的学术组织和学术团体来评价奖励；而对应用性研究成果应该考察其实际应用效果和推广情况，主要通过市场机制等来评判奖赏。一项奖励的权威性不应该取决于组织评审部门的行政级别或职能大小，奖励也不宜过多过滥。只有这样，才可能使真正在学术界被广泛认可的基础研究成果、或真正经受住市场检验的应用研究成果得到恰当评价与奖励，从而树立正确的科研导向。
总之，改革科研管理体制、建设良好学术环境，具有根本性、长远性与迫切性，应当高度重视。科学研究规律与人才发展规律不仅应当尊重，而且值得敬畏。希望国家加快科技体制深化改革，为我国科技高水平发展与高素质人才成长创造更加良好的环境。