后发劣势
通过模仿发达国家，落后国家可以在短期内获得显著成效，这就是所谓后发外生型国家的后发优势。后发优势也伴随着后发劣势——落后国家倾向于用易操作的技术模仿代替艰巨的基本制度改革，最终可能导致改革失败或长远发展受阻，清朝的洋务运动是一个例子。目前中国经济发展也正遇到类似问题：如果政府职能不转变，经济增长方式就很难转变，而经济增长方式不转变，经济发展就受阻。大学的情况与此类似。
清末我国对西方近千年积淀而成的大学制度奉行拿来主义。1911年以前，日本显然是最重要的模仿对象；1911～1927年之间，中国大学转而模仿欧洲大学；后来又对美国大学模式产生浓厚兴趣，1926年国立清华大学成立，使这股崇美之风达到极致；此后又再次转向了欧洲大学。拿来主义使中国大学从无到有得以建立，相比而言，后发劣势一直很不突出。究其原因，民国时期政局动荡，当权者自顾不暇，大学环境相对宽松自由，无意间成就了中国大学史上的黄金时代。
新中国成立后，中国大体可以分为两个阶段，前一阶段为革命的延续（1949～1978年），后一阶段为改革的兴起（1978年至今），中国大学的后发劣势直到1978年以后才逐渐显露。
1952年，我国在苏联专家指导下实施院系调整，大学变得“支离破碎”，历史渊源被人为割裂。1957年，知识分子被下放改造。1961年，中共中央批准试行庐山工作会议上通过的《教育部直属高等学校暂行工作条例（草案）》（简称《高教60条》），标志着中国高等教育试图走向国际化。但紧接着，“文革”铺天盖地，民国时期培养起的一代著名学者的集体智慧中断，让中国大学的各种努力，都前功尽弃。
可见，中国大学虽然号称百年历史，但从积累延续的角度来看，却一直处于流产状态，往往是还未起飞就已经坠落。恢复高考至今，短短三十年间，中国大学爆发出惊人的后发优势，取得巨大成就，同时，后发劣势也开始浮出水面。
关系秩序
大学的后发劣势首先体现为关系秩序。尽管1998年《高等教育法》明确规定了高校7个方面的自主权，但并未改变政府与大学之间的隶属关系。政府与大学之间缺乏清晰的权力边界，高等教育政策充满偶然性。关系秩序的盛行，不过是稳定预期缺乏下的理性选择。
与政府的亲疏远近，很大程度上决定了一所大学的发展态势，因此大学往往强化与政府的关系，并视之为核心竞争力。好在中国大学校长既是一校之长，也是政府官员，不同类型的大学校长对应不同的行政级别，这种双重身份正好方便了与政府行政部门官员的对接。
法规其表，关系其里；正式其表，非正式其里。这造就了中国大学的“奇观”：中国大学表面看似不自由（政府管得太多统得过死），其实具有很大的自由回旋空间。但这种自由回旋空间，带有强烈的“人治”色彩：操作缺乏透明度，一切都变得不确定。
大学外部环境若是，内部环境又如何？根据《高等教育法》规定，大学实行党委领导下的校长负责制。校长不是大学的最高长官，但负最高责任；党委不负最高责任，却是大学的第一把手。那么，党委书记和校长关系到底如何，孰先孰后，最终定夺依然要取决于关系秩序。
关系秩序对法律秩序的僭越加剧了大学行政本位，也产生了巨大的示范效应：大学内部人通过权力寻租（如学术腐败、职称评审、招生、教育乱收费等等），实现对政府膨胀权力的碎末式分享。最终，高教界全员寻租的局面形成。
值得指出的是，“关系”信仰引发了高教界诸多乱象，也引发了诸多新事物和新现象，如民办教育、名校办民校、独立学院以及公办高校贷款等。而当创新行为和寻租活动混迹一处，人们往往观其一不观其二，看不到资源与效率的无谓消耗，诸如以上所提到的这些新事物和新现象，其中机制至今尚未理顺，问题丛生而应对乏力。
“政治正确”
大学的后发劣势之二，体现为中式政治正确。如果单从关系秩序谈大学改革，就可能将大学混同于企业。大学的独特之处在于，思想是大学的天职。对于企业来说，迫切需要解决的，是政府限权问题；而对于大学来说，更需要解决思想松绑问题。
学术和政治的关系，长期以来是横悬在学者头上的一把利剑。1992年以来，随着商业化大潮席卷国内，政府开始高度嘉许一种规范的学院机制，鼓励高度专业化的学者。“思想家淡出，学术家凸显”，与官方意识形态保持一致，开始成为中式政治正确，开启了随后不断去政治化的过程：大学恪守与政府之间的某种默契，小心翼翼将言论控制在现有权力能容忍的范围之内，惟恐言多必失。
没有言论的自由，思想难以自由。对于思想受限的现实，高等教育研究者的身份尤其尴尬，他们既是当事人，又是研究者，对此有切肤之痛，但是落于纸面，又并非如此，往往体现为四种情况：
其一，立足于历史，开放于现实，平静中说理。尽管出发点是好好说理，但为了突出问题，也不免通过变形、夸张来强化反差。比较常见的是借助经典大学理念（大学自治和学术自由）来反击。首先将大学历史做纯净化处理，使之完全超拔于历史真实之上，在此基础上，把当前大学与政府的关系简化为一组泾渭分明、大是大非的对立关系式，大学在现实世界中所遭遇的种种困境，于是被演绎为一曲曲经典大学理念遭到毁灭的挽歌。
其二，对敏感问题进行技术性处理，采取迂回方案，使用中性话语，把矛盾焦点转化为枝节修补，就事论事，避免对问题进行政治分析。
其三，把活泼泼的思想废黜在四平八稳的程式化语言中。这表现为套话，或者说“正确的废话”。
此外，还有常见的第四种情况，就是丢掉历史重量的纯粹术语移植（如所谓的文化研究），机敏而轻佻，华丽而空洞，在把玩智力游戏中获得顺从和冒犯的双重快感。
高等教育学界不过是整个学界的镜像。不讲政治的政治，已经成为学界真正主流的政治。这就形成了20世纪90年代以来学界一个很奇怪的现象：很多东西大家都知道根本不是那么回事，但落于纸面时又不得不这么说；还有些则明明知道是这么回事，但说出来时却是另一回事。
作为研究者，察觉不到问题，是能力有限；明知问题所在，却要强迫进行自我思想审查，并作出拙劣图解，不能不说是主体性的悲哀。
中国大学改革的政治实质
关系秩序源于政府权责不对应。权责不对应衍生“选择性适应”现象：权力部门的公共服务责任越来越弱，垄断资源寻利的权力却越来越大。换言之，如果没有对政府权力的制约，政府分权和放权的过程，就可能演变为政府“弃责争利”的过程。
比如20世纪80年代末市场力量开始渗入大学，但政府对大学的控制是增强而不是弱化。通过把经费、学生就业这样一些可能出现危机的事项更多地推向边缘、基层和大学，政府下放的多是责任和危机，而保留的则是控制权。
关系秩序使潜规则凌驾于正式法规之上，中式政治正确使大学思想受制于官方主流意识形态。这双重问题的实质，最终都可以归结为政府职能定位问题。在此可以套用北京大学教授张维迎在1999年针对国企提出的几个不可能定理：在政府职能不转变的条件下，真正的教育家不可能出现，政校分开不可能，大学预算约束硬化不可能，大学运作状况不可有效地约束学校决策者，以国家为主导的大学改革不可能解决经营者选择问题。
更直白地说，大学领导都是有一定级别的行政官员，就算有自己的教育理念，但他有什么动力将之付诸改革呢？大学仍要受到正规和非正规的限制，它有什么能力进行改革呢？大学自己不改革，政府再着急又有什么用呢？
可见，大学改革不仅是一个技术修补问题，更是一个政府体制改革问题。进一步说，中国大学改革从根本上来说乃是一项政治改革。在今后相当长的时间里，中国大学改革的着眼点是营造真正意义上的大学自治和学术自由。这样一场艰巨的大学生态重建，必然悬系于宪政的完善，试图回避国家权力结构改造或者政治体制改革来谈大学改革，只能是一厢情愿的浪漫。
如果说基本制度的改革不能朝发夕至，那么在今天，经过几代人的努力之后，国人的观念、文化、行为等等都发生了巨变，制度变革的社会心理铺垫已经基本具备。1978年，通过自身策略的转换，我国已经成功开启了社会的变迁。今天，我们有理由相信，在见证和思考三十年的是非功过之后，我们也有能力和决心，在大学改革问题上，开启新一轮的自我更生。